Autofagija je evolutivno očuvan mehanizam za razgradnju/reciklažu citoplazmatskih makromolekula i oštećenih organela, koji ima ulogu u održavanju homeostaze ćelije i organizma, uključujući i imunski sistem. Autofagozom, vezikula sa dvostrukom membranom u kojoj se nalazi protein LC3-II, obuhvata citoplazmatski sadržaj obeležen kargo receptorima (SQSTM1/p62 i NBR1) i spaja se sa lizozomom pri čemu nastaje autofagolizozom u kome se sadržaj razgrađuje. Autofagija se aktivira na transkripcionom nivou povećanjem ekspresije gena koji regulišu autofagiju (ATG), kao i post-translacionim modifikacijama ATG proteina, koje su prevashodno kontrolisane represorom autofagije mTORC1 i njegovim uzvodnim regulatorima AMPK i Akt. Pored toga što štiti od energetskog stresa/oksidativnog oštećenja, autofagija ima važnu ulogu i u antivirusnom odgovoru direktnim uklanjanjem virusa. Međutim, pojedini virusi su razvili mehanizme za izbegavanje autofagije ili čak koriste autofagiju za svoju replikaciju. Produkti mikroorganizama i proinflamatorni citokini indukuju autofagiju, koja ublažava zapaljenski odgovor supresijom inflamazoma. Osim toga, autofagija može i da podstakne zapaljenski proces stimulacijom inflamatornog odgovora nezavisnog od aktivnosti inflamazoma. U normalnim uslovima, autofagija omogućava brz urođeni imunski odgovor u početku, a blokira prejaku inflamaciju u kasnijim fazama infekcije. Međutim, precizna regulacija autofagnog odgovora može biti poremećena virusnom infekcijom, što može dovesti do povećane replikacije virusa u ranoj fazi infekcije praćene hiperinflamacijom i posledičnim oštećenjem tkiva.